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release 1.2.3
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- Improvements in SQL queries (Thanks to *tuco* Emmanuel Quevillon
  BiomajSQLQuerier)
- Fixes in stage option and local banks (need modification in global.properties: do.link.copy=false)

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release 1.2.2
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- Minor bug fixes:
    - #15357
    - uncompress issue with subdirectories
    - wrong name issue in computed banks
    - set source env variable for computed banks available in db property files
    - Manage host for database setup


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release 1.2.1
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- Minor bug fixes
- Add feature #13848

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release 1.2.0
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- Database modifications for multitenancy 
- Automatic post-process submission to queuing system
- Database space saving on bank removal
- New protocols :
	=> AmazonS3
	=> Http direct URL download
- Bank dependencies
- Bug fixes



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release 1.1.0
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- Web administration interface provided (Biomaj Watcher)
- Java based HTTP and FTP download (wget no longer required)
- Switched logging system to relational database (migration script provided)
- SFTP added to supported protocols
- Bug fixes



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release 1.0
fix bugs:
#5368 message error with a statefiles directory bad formuled
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release 1.0-RC1

#4239
    - option view-logger add in the main option:
	- dynamic view for log bank :
		- Main activity report
		- Processing activity report
		- Complete remote files list (match with remote.files property)
		- Downloadable remote files list
		- Production files already downloaded
		- Non production files already downloaded
		- Extractable files list
		- Release information
		- Wget output
		
	- possibility to select the information level (depends of historic.logfile.level property)	
		 
- add localisation of rsync binary with property rsync.bin in general.conf
- extraction file cant be set in the file general.conf :

#List of binary
uncompress.bin=tar,tar2,tar3,gunzip,bunzip,unzip

#sample with tar
#----------------
#binary
tar.bin=/bin/tar
#case of extension
tar.case=.tar.gz,.tgz,.tar.Z
#uncompress option
tar.option.uncomp=-zxf
#directory output (if the property is not define, the ouput directory is not specified in command line)
tar.option.output=-C
#test option (if the property is not specified, the archive/compress file is not tested)
tar.option.test=-tf


- add property "ftp.active.mode" to active or desactive passiv ftp mode.
bug fix :
#4232 args property for process can start with '${'
#5336 Archive tar 
#5174 'keep.old.version' did not work
-  Authentification http
#5262 bug with an execution with 2 call on the same block
#5263 metaprocess name and block process name can't be to have the same name
#5058 Get a release from a file which contains the information : 
example for embl : release.regexp=Release_(\\d+) 

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release 0.9.3.1

- fix bug with --index option
- fix bug date 29/02

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release 0.9.3.0

ADMINISTRATION
--------------------------------------------
-Ajout de l'option --change-dbname <dbname> <newdbname>
Change le nom de la banque dans le repository ainsi que dans le fichier de propriete. renomme egalement le fichier de 
propriete associe
  
- #4813 commande move-production-directories implemente : si la propriete db.version est modifier, aucun nouveaux cycle update peut etre lancer,
il faut executer cette commande afin de changer de repertoire de production les anciennes version de la banque.

- #4231 Modification de l'affichage de Status (le tail -f est enleve)

ENVIRONEMENT WORKFLOW
--------------------------------------------

- Possibilite de modifier les chemin de localisation des workflow,process,rapport,statefiles,log
via un fichier general.conf (root de BioMAJ). Export des definitions des chemins des executables (bunzip,tar,gunzip,unzip,wget)
dans ce fichier
Ce fichier est generer automatiquement, si celui-ci n'existe pas.

DEFINITION DE WORKFLOW
---------------------------------------------
- #4812 forcer l utilisation d'un --move-production par l utilisateur si les proprietes data.dir et version.dir sont modifie 
- Possibilite de donner en argument d'un processus, une propriete definie dans le fichier de propriete ou par le workflow (comme remote.release)
exemple:

print.name=echo
print.exe=echo
print.args=Bank : ${db.name} VERSION : ${dir.version} RELEASE : ${remote.release}
print.desc=Affichage des proprietes du workflow
print.type=Affichage

affichage :
Bank : alu VERSION : TEST RELEASE : 2008-01-31

CYCLE UPDATE
----------------------------------------------

INITIALISATION
--------------
-Ajout de la propriete include.properties :
Cela permet de definir des postprocessus dans un fichier commun ou d etablir un profil de workflow

- #3108 Possibilite de definir un groupe (parenthesage) dans l'expression de la release :
exemple :
release.file=reldate.txt
release.regexp=UniProt\\sKnowledgebase\\sRelease\\s+([\\d]+\\.*[\\d]*)
--> resultat : 12.8

SYNCHRONISATION
---------------

- #4170 Gestion du format d'archivage zip

POST-TRAITEMENT
---------------

- Ajout de variable d environnement pour les post-traitement :
  - PATH_PROCESS_BIOMAJ   : repertoire racine des post-processus.
  - PATH_LOG_BIOMAJ       : repertoire de log.
  - PATH_WORKFLOW_BIOMAJ  : repertoire des fichiers de workflow (.properties).
  
 -#3644 [liste files add] [list file supr] [list file copy] pour postprocess
  Si la propriete "list.files.available" est definie et est initialis� � "true", Les variables d'environnement suivantes sont initialis�es pour chaque processus:
  
  - RELEASE_ALL_COMPRESSED_FILES_LIST    : Liste des fichiers qu'on a recuperer du serveur.
  - RELEASE_ALL_UNCOMPRESSED_FILES_LIST  : Liste des fichiers generes dans le repertoire flat de la version en construction.
  - RELEASE_OLD_FILES_LIST               : Liste des fichiers provenant de l'ancienne version et qui se trouve dans le repertoire flat de la version en construction.
  - RELEASE_NEW_FILES_LIST               : Liste des fichiers nouvellement telecharges et extrait qui se trouve dans le repertoire flat de la version en construction.

-#4165 Modification de --rebuild

DEPLOIEMENT
-----------
- Envoie une erreur si l espace disque est insuffisant.

RAPPORT HTML
---------------------------------------------
- #4237 Ajout Statistique bande passante/release
- Nouvelle generation du rapport html pour les utilisateurs/administrateurs:
    - Menu : * lien sur le site officiel BioMAJ
             * choix d'affichage par type de banque/par format
             * affichage des dernieres erreurs
             
    - Vue admin/vue user
    - Trie des tableaux sur tous attributs des banques biologiques.
    - Affichage d'une statistique par page
 
GESTION INTERNE
------------------------------------------------

- Les sessions sont des fichiers inclues dans le fichier root via un tag <xinclude>, la lecture des tag <files> devient optionnel.  

CORRECTIONS BUGS
----------------
- #4050 : Erreur lors de l'update d'une banque dependante.
- #4590 : Reprise sur erreur des post processing
- #4773 : Bug iprscan
- #5035 : Erreur aleatoire de deletion de log lors de mise a jour.
- #4206 : log concatener lors de mise a jour simultanee de plusieurs banques.
- #4602 : nom de fichier dans la generation de rapport html
- #4600 : bug avec un xml mal forme sur la generation de rapport

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release 0.9.2.0

- Le fichier distant ou se trouve le numero de version peut etre exprimer par une url complete:
  ex : release.file=ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/GB_Release_Number
- La propriete remote.dir peut etre vide (utile pour recuperer a la racine du repertoire ftp) 
- gestion des arguments de l executable avec lib cli2.0 jakarta
- optimisation de telechargement : 
	- random sur la connection 
	- time out sur la connection
	- tentative de telecharger la liste complete de telechargement (une liste "echec" est etablie a la fin de la tache download)
-ajout de la propriete : mail.from afin d avoir des header mail hemit bien form�s
(evite la classification spam des mails biomaj)
-ajout d info dans le statefile xml a propos de la configuration utilis� lors de la session: link.copy, remoteExcludedFile, log.file 
(la modification de ces proprietes influe sur l'execution d un nouveau cycle update)
- refonte de l option status : 
	ajout de filtre sur l option --status : --dbtype=<type>, --online, --updating 	
- fix tar.gz.md5 bug
- possibilite de definir une propriete db.formats=[format1,format2,...]
  ces informations sont generer dans l index obtenu par l option --index
- ajout de la propriete local.files.excluded, pour eviter d'avoir certain fichier temporaire comme les .panfs dans les repertoire de prod
 	
################################################################################################################

release 0.9.1.2
- fix keep.old.version bug
- Implementation et test sur les banques dependantes :
utilisation : propriete depends.
- option --rebuild reconstruit la release et place un 
lien current sur l avant derniere version si ce repertoire existe.
- enrichissement du workflows de postprocess : possibilit� de definir plusieurs Block de processus parallele.
- propriete log.files pour optimiser le "file check" 

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release 0.9.1.1
Bugs fixed

- keep.old.version have to be positive
- bug on protocol http
- bug on link server ftp (used by genomes bank)
- http/ftp with authentification

properties
astral (http)
go (http)


